Причина отказа в регистрации гражданину Казахстана при пересечении границы Казахстан-Россия

Мой сын гражданин Казахстана. Поступил в Томский унивеситете на заочную форму обучения. Уже 2,5 года он учится и работает в Томске, имеет свою квартиру. В очередной раз, в январе 2016 г пересекая границу Казахстан – Россия он указал причину пересечения «учеба». При регистрации в ФМС ему сказали, что он должен пересечь опять границу Россия – Казахстан через 90 дней (в апреле) т.к. указана причина «учеба». До этого таких ограничений не было. С 12 января сына принимают официально на работу и параллельно он учится (заочно). Сейчас он работает в Томске. Прошло 80 дней, сын как ему и сказали пересек границу Россия-Казахстан (в апреле) и через неделю вернулся в Томск, т.к. работа не позволяет ему долго быть в отпуске без содержания. При пересечения границы Казахстан-Россия он уже указал цель «работа» и при регистрации в ФМС ему опять сказали что регистрировать его не будут т.к. он должен пробыть в Казахстане 90 дней (опять они объяснили причину, что при пересечении предыдущий раз он указал «учеба»). Прошу разъяснить причину отказа регистрации. Человек имеет постоянную работу, имеет свою квартиру, не нарушает правила въезда и выезда из России. Сейчас просто ему не реально выехать из России т.к. у него постоянная работа и трудовой договор оформленный с 12 января 2016 г.