Как пересечь границу Литвы, имея два гражданства и разные фамилии в паспортах?

Сможете пересечь, т.к. у Вас есть гражданство, См. Закон Литвы "О гражданстве" от от 2 декабря 2010 г. № XI-1196

Можете пересечь!

Согласно общим правилам, ст. 6 п. 1 Закона о гражданстве определяется, что гражданин России, у которого также есть гражданство другой страны, на территории РФ рассматривается государством только как гражданин России (исключения могут быть установлены международными договорами либо федеральными законами).

Источник: zagrandok.ru

---Здравствуйте, не факт что сможете выехать по внутреннему Литовскому паспорту. По литовским законам, человек, получивший гражданство другой страны, обязан сообщить об этом ответственным ведомствам в течение двух месяцев, в противном случае ему грозит штраф в размере от 1000 до 5000 литов (290-1450 евро). Однако штрафом дело может не ограничиться и вас могут лишить гражданства Литвы. см. ЗАКОН О ГРАЖДАНСТВЕ ЛИТОВСКОЙ РЕСПУБЛИКИ от 2 декабря 2010 г. № XI-1196 Вильнюс (С изменениями и дополнениями, внесенными Законом от 6 ноября 2012 г. № XI-2333; Законом от 9 мая 2013 г. № XII-269) Статья 8. Статус гражданина Литовской Республики, состоящего одновременно и в гражданстве другого государства

Литовское государство считает гражданина Литовской Республики, состоящего одновременно и в гражданстве другого государства, только гражданином Литовской Республики. Наличие гражданства другого государства не освобождает его от обязанностей гражданина Литовской Республики, установленных в Конституции, законах и других правовых актах Литовской Республики. Всего хорошего.