Должно ли учреждение начислять амортизацию по объектам основных средств, находящимся в оперативном управлении?

Вообще-то сейчас следует использовать НК РФ. Амортизация будет начисляться в случаях использования имущкества для ведения предпринимательской деятельности.

НК РФ.

" Статья 256. Амортизируемое имущество

См. правовые акты, схемы и комментарии к статье 256 настоящего Кодекса

1. Амортизируемым имуществом в целях настоящей главы признаются имущество, результаты интеллектуальной деятельности и иные объекты интеллектуальной собственности, которые находятся у налогоплательщика на праве собственности (если иное не предусмотрено настоящей главой), используются им для извлечения дохода, и стоимость которых погашается путем начисления амортизации. Амортизируемым имуществом признается имущество со сроком полезного использования более 12 месяцев и первоначальной стоимостью более 10 000 рублей.

Амортизируемое имущество, полученное унитарным предприятием от собственника имущества унитарного предприятия в оперативное управление или хозяйственное ведение, подлежит амортизации у данного унитарного предприятия в порядке, установленном настоящей главой.

2. Не подлежат амортизации земля и иные объекты природопользования (вода, недра и другие природные ресурсы), а также материально-производственные запасы, товары, объекты незавершенного капитального строительства, ценные бумаги, финансовые инструменты срочных сделок (в том числе форвардные, фьючерсные контракты, опционные контракты).

Не подлежат амортизации следующие виды амортизируемого имущества:

2) имущество некоммерческих организаций, полученное в качестве целевых поступлений или приобретенное за счет средств целевых поступлений и используемое для осуществления некоммерческой деятельности".

Если имущество не используется для предпринимательской деятельности, то начисляется тот самый износ. Разница между износом (нормативным) и амортизацией одна - сумма амортизации, равная сумме износа, относится на результаты деятельности (уменьшает налогооблагаемую базу), сумма износа - не относится, просто потому, что некоммерческая деятельность не облагается налогом.