Если я воспользуюсь ипотекой на 2 года, будут ли отчисления по истечении этих 2 х лет? До пенсии мне 10 лет.

Да, будут начисления

Вы так и не сформулировали какие начисления на что?

Средства на Вашем накопительном счету будут накапливаться до тех пор, пока Вы проходите военную службу. Таков смысл закона - вы не ограничиваетесь нормой предоставления, как в случае с социальным наймом. Размер накоплений так же и от состава Вашей семьи не зависит - он устанавливается Федеральным законом "О федеральном бюджете" и для всех одинаков.

Воспользоваться ипотекой Вы тоже можете по-разному. Срок кредитования заложен в закон исходя из средней продолжительности военной службы. Это 20 лет. Поэтому период, в который производятся накопления на Вашем счету так же составляет 20 лет независимо от того купили Вы жилье или нет. Если купили с использованием заемных средств банка (ипотеки), то с Вашего счета в пользу банка спишется сумма ЦЖЗ и далее будут списываться средства до погашения задолженности перед банком, после погашения ипотеки - средства будут копиться до тех пор пока Вы служите. Если Вы прослужили 20 лет и даже более и при этом квартиры не покупали, то при увольнении Вы откроете в банке счет на который Вам переведут Ваши накопления с накопительного счета и Вы сможете истратить их на своё усмотрение.