Как указать доход от отпуска и декретного отпуска при подаче уведомления о ВНЖ и какая должна быть минимальная сумма дохода за год?

Ваша бухгалтер не права. Пусть смотрит внимательно статью 208 Налогового кодекса РФ. В подп. 7) пункта 1 черным по белому написано, что к доходам, полученным на территории РФ относятся пенсии, ПОСОБИЯ, стипендии и иные аналогичные выплаты, полученные налогоплательщиком в соответствии с действующим российским законодательством или полученные от иностранной организации в связи с деятельностью ее обособленного подразделения в Российской Федерации.

Не ниже прожиточного минимума, установленного законом субъекта Российской Федерации, на территории которого иностранный гражданин обращается с заявлением о выдаче вида на жительство, на срок предоставления государственной услуги.

При этом предоставляется либо

- документ, подтверждающий наличие законного источника средств к существованию, позволяющего содержать себя в Российской Федерации в пределах прожиточного минимума,

- или документ, подтверждающий его нетрудоспособность.

Смотрите п 21.4 Административного регламента предоставления Федеральной миграционной службой государственной услуги по выдаче иностранным гражданам и лицам без гражданства вида на жительство в Российской Федерации, утв. приказом Федеральной миграционной службы от 22 апреля 2013 г. N 215