Руководителю муниципального образовательного учреждения не предоставляется дополнительный отпуск - юридическая сторона вопроса

Нет, неправомерно.

Согласно ст.20 Федерального закона от 02.03.2007 № 25-ФЗ (ред. от 15.02.2016) "О муниципальной службе в Российской Федерации" рабочее (служебное) время муниципальных служащих регулируется в соответствии с трудовым законодательством.

Ненормированный рабочий день предусмотрен ст.101 Трудового кодекса РФ.

Работникам с ненормированным рабочим днем предоставляется ежегодный дополнительный оплачиваемый отпуск, продолжительность которого определяется коллективным договором или правилами внутреннего трудового распорядка (ч.1 ст.119 ТК).

А вот порядок и условия предоставления отпуска за ненормированный рабочий день действительно устанавливаются на муниципальном уровне (ч.2 ст.119 ТК).

Я думаю, разница между этими двумя нормами вполне ясна. Отказ Вашего работодателя по аналогии можно приравнять, например, к следующему: "Работник отработал месяц полностью, мы обязаны выплатить ему зарплату, но мы не будем этого делать, потому что ещё не решили, по каким дням и в каком виде, налично или безналично, он эту зарплату получит. Поэтому пусть работает без зарплаты".

Вам обязаны предоставить дополнительный отпуск согласно трудовому договору, коллективному договору и Трудовому кодексу РФ.