Как взятие гражданской ипотеки с использованием материнского капитала может повлиять на военную ипотеку при оформлении квартиры на жену

Не повлияет. Только не удивляйтесь, если банки будут отказывать без объяснения причин. Причину объясню я - вас же могут уволить и вы в один момент окажетесь без заработка, но с двумя ипотеками. Это риск для банка. Про оформление - банки требуют супругам быть созаемщиками, чтобы при разводе не было лишних споров. Так что оформить на супругу тоже вряд ли удастся.