Как действовать, если командир части не соглашается принять рапорт на увольнение по собственному желанию офицера на Дальнем Востоке и запрещает увольнение со штатной должности?

Александр Викторович, если вы решили уволиться по п.8 ч.3 ст.51 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе" то это ваше право. И только вы можете им воспользоваться.

Помимо вашего рапорта должно быть освидетельствование члена вашей семьи ВВК (Невозможность проживания члена семьи военнослужащего по медицинским показаниям в местности, в которой военнослужащий проходит военную службу, определяется при освидетельствовании членов семьи в ВВК в соответствии с п. п. 181 - 185 Инструкции о порядке проведения военно-врачебной экспертизы в Вооруженных Силах Российской Федерации, утвержденной Приказом министра обороны Российской Федерации от 20 августа 2003 г. N 200.)

И если у вас есть рапорт(желание уволиться) с решением ВВК о невозможности проживания вашего члена семьи на Дальнем Востоке, то вам необходимо обжаловать отказ на увольнение в военный суд и настаивать на увольнение именно по этой статье, а никакой другой.

Отвечая на второй вопрос, могу сказать, что избранная статья увольнения с военной службы и желание уволиться по собственному желанию, является законным желанием военнослужащего. А то что командующий запретил увольнение по данной статье - закон в таком случае не содержит право командованию запрещать увольнение в/сл. Запретить может законодатель в лице госдумы, президента или правительства.