Проблемы с пропиской - как оформить российское гражданство для ребенка, родившегося в Крыму

Мой сын родился в Украине в 2007 году, в Харькове. С 2010 года мы с ним проживаем в Крыму. Пока Крым был Украиной, он был прописан вместе со мной. Теперь Крым стал Россией и мне надо его прописать заново. Но в паспортном столе сказали, что он не гражданин России! И, что бы оформить российское гражданство, мне надо оплатить гос. пошлину в размере 3500 рублей. В российском паспорте он у меня записан. Во время референдума он находился в Крыму, ходил в детский садик, сейчас ходит в школу.