Недавно на сайте МНФ обнаружила, что за мной числится с 2005 года долг в 1 копейку пеней.

Добрый день! Что касается сумм пени, то пеня начисляется только на сумму задолженность, если вы оплачиваете налоги в установленные законодательством (не ждёте пока вам придёт уведомление из налоговой инспекции о необходимости уплаты налогов, так как уведомление вам могут прислать с опозданием), то увеличиваться ваша пеня не будет не переживайте. Что касается вопроса откуда эта копейка взялась, то извините это нужно выяснять в вашем налоговом органе. Что касается списания, вам ответили верно у налоговой должны быть основания для списания этой "суммы" (решение суда, а как вы понимаете предъявлять иск на 1 копейку в суд ну по меньшей мере глупо). Что касается ваших дальнейших действий, то мой вам совет не портите себе нервы, забудьте вы за эту копейку, ну а в случае если вдруг "наша система" вдруг решит не выпустить вас за рубеж, то по моему мнению проще заплатить эту копейку(так как скорее всего найти "откуда ноги ростут" никто не сможет, потому что возможно эта копейка тянется с тех времён когда налоговые инспекции не располагали компьютерами или современными программами). Если же вы из-за принципа и вас много свободного времени, то начните с заявления на имя начальника налоговой с просьбой объяснить "откуда всётаки взялась эта копейка с подробным описанием суммы недоимки на которую начислена пеня и периода её возникновения". Надеюсь что ответил на ваш вопрос!