Как действовать, если командир отказывает в переводе на вышестоящую должность в другую воинскую часть

В силу абзаца 2 пункта 11 ПОРЯДКА ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ДОЛЖНОСТНЫХ ЛИЦ И ОРГАНОВ ВОЕННОГО УПРАВЛЕНИЯ ПО ОРГАНИЗАЦИИ ПРОХОЖДЕНИЯ ВОЕННОЙ СЛУЖБЫ ПО КОНТРАКТУ В ВООРУЖЕННЫХ СИЛАХ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ, если командиром (начальником) воинской части принято решение о представлении к назначению на воинскую должность военнослужащего другой воинской части, на имя командира (начальника) воинской части, где проходит военную службу военнослужащий, отобранный к назначению на воинскую должность, направляется отношение, оформляемое по рекомендуемому образцу согласно приложению N 5 к настоящему Порядку. Командир (начальник) воинской части, в которой проходит военную службу отобранный к назначению на воинскую должность военнослужащий, обязан в течение десяти дней после получения отношения принять по нему решение и уведомить о принятом решении командира (начальника) воинской части, выдавшего отношение. В случае принятия решения о представлении военнослужащего к назначению на воинскую должность соответствующее представление направляется в порядке подчиненности в кадровый орган, подчиненный уполномоченному лицу по назначению на воинскую должность, указанную в отношении.

Таким образом, у командира нет обязанности готовить представление при получении отношения, прежде всего он руководствуется интересами части.

Вам остаётся служить дальше или договариваться с командиром.