Земельный участок сельхозназначения со статусом временный обрабатывает фермер. Должен ли он платить налог и куда?

Если является собственником, то должен в налоговую инспекцию.

НК РФ Статья 388. Налогоплательщики

1. Налогоплательщиками налога (далее в настоящей главе - налогоплательщики) признаются организации и физические лица, обладающие земельными участками, признаваемыми объектом налогообложения в соответствии со статьей 389 настоящего Кодекса, на праве собственности, праве постоянного (бессрочного) пользования или праве пожизненного наследуемого владения, если иное не установлено настоящим пунктом.

(в ред. Федеральных законов от 28.11.2009 N 283-ФЗ, от 27.11.2010 N 308-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

В отношении земельных участков, входящих в имущество, составляющее паевой инвестиционный фонд, налогоплательщиками признаются управляющие компании. При этом налог уплачивается за счет имущества, составляющего этот паевой инвестиционный фонд.

(абзац введен Федеральным законом от 27.11.2010 N 308-ФЗ)

2. Не признаются налогоплательщиками организации и физические лица в отношении земельных участков, находящихся у них на праве безвозмездного пользования, в том числе праве безвозмездного срочного пользования, или переданных им по договору аренды.

(в ред. Федерального закона от 24.11.2014 N 369-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)