Можно ли с помощью военной ипотеки погасить обычную ипотеку?

Да, можно. Обратитесь по этому вопросу в банк.

Согласно пункту 2 части 1 ст. 14 ФЗ "О накопительно-ипотечной системе жилищного обеспечения военнослужащих" каждый участник накопительно-ипотечной системы не менее чем через три года его участия в накопительно-ипотечной системе имеет право на заключение с уполномоченным федеральным органом договора целевого жилищного займа в целях уплаты первоначального взноса при приобретении с использованием ипотечного кредита (займа) жилого помещения или жилых помещений, приобретении земельного участка, занятого приобретаемыми жилым домом либо частью жилого дома и необходимого для их использования, уплаты части цены договора участия в долевом строительстве с использованием ипотечного кредита (займа) и (или) погашения обязательств по ипотечному кредиту (займу).

При этом имейте ввиду, что помимо обязательств перед банком у вас возникнут обязательства перед государством по возврату целевого жилищного займа до возникновения права на накопления.