Может ли и.о. директора муниципального предприятия быть председателем профсоюза.

Нет, не может.

Согласно части 4 пункта 1 ст. 13 Федерального закона от 12 января 1996 г. N 10-ФЗ

"О профессиональных союзах, их правах и гарантиях деятельности" запрещается ведение переговоров и заключение соглашений и коллективных договоров от имени работников лицами, представляющими работодателя. Руководитель, как правило, является уставным представителем своей организации, поэтому он не может представлять одновременно и работодателя и работников. Что касается заместителя, то такого запрета, конечно, нет.