Можно ли одному истцу сдавать в экспедицию все последующие документы без доверенности, если второй истец не присутствует, и ставить при этом две подписи?

Почта - это почта (кстати, и при отправке через почту могут возникнуть претензии у суда, но только уже в судебном заседании, а не при получении конверта). Личная подача - совсем другое. Если документ подается от имени двоих, оба обязаны присутствовать при его подаче или должна быть доверенность у одного от другого. Либо пусть подписывает и подает только один.

Кстати, и госпошлину платят оба. каждый за себя.