Как наследник, могу ли я подать заявление в суд о признании меня правопреемником и зарегистрировать в ЕГРН право собственности на гараж, не зарегистрированное отцом?

Да, конечно вы вправе обратиться в суд с иском о признании права собственности в порядке наследования, а также оспорить отказ нотариуса.

Статья 44 ГПК РФ неприменима в вашей ситуации И в вашей ситуации когда есть решение суда вступившее в законную силу ст 13 ГПК РФ, то оно должно исполняться всеми органами в том числе и нотариусом В этой связи нет необходимости обращаться в суд Для нотариуса достаточно решения суда чтобы оформить вам в наследство гараж Если обращаться в суд то только для оспаривания отказа нотариуса в совершении нотариального действия

Статья 44. Процессуальное правопреемство

"Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 29.07.2017) (с изм. и доп., вступ. В силу с 10.08.2017)

""1. В случаях выбытия одной из сторон в спорном или установленном решением суда правоотношении (смерть гражданина, реорганизация юридического лица, уступка требования, перевод долга и другие случаи перемены лиц в обязательствах) суд допускает замену этой стороны ее правопреемником. Правопреемство возможно на любой стадии гражданского судопроизводства.

""2. Все действия, совершенные до вступления правопреемника в процесс, обязательны для него в той мере, в какой они были бы обязательны для лица, которое правопреемник заменил.

3. На определение суда о замене или об отказе в замене правопреемника может быть подана частная жалоба.

Нотариус не отказывает он хочет включить гараж как долевую собственность также как и дом когда по гаражу было отдельное решение о единоличной собственности. Но не было зарегистрировано ЕГРН в течение многих лет а именно с 2001 года.