Являюсь ли я виновной в том, что документ хранился без печати?

Здравствуйте, Дарья! Вашей вины в этой недостаче нет. Работодатель в лице директора, работавшего на тот момент, не обеспечил сохранность ТМЦ, что исключает материальную ответственность работника. Собственник фирмы - это учредитель, но не исполнительный орган юридического лица (если только он не в едином лице). Исполнительный орган (директор, генеральный директор) должен назначить проверку по данному факту и установить причины недостачи. При этом обязательно истребовать от Вас объяснение. Только после этого принимается решение. Но в Вашем случае очевидно, что имело место хищение и по данному факту следует обратиться в полицию. Это был бы самый разумный вариант как для Вас, так и для Вашего работодателя. Если работодатель сам не захочет этого сделать, то Вы сами как заинтересованное и материально ответственное лицо вправе сообщить о преступлении, хотя потерпевшей по уголовному делу являться не будете. Также следует иметь в виду, что резальтаты проверки и распоряжение (приказ) о привлечении Вас к материальной ответственности Вы вправе обжаловать в суд. Поскольку сумма ущерба, как я полагаю, превышает Ваш средний заработок и Вы не давали согласие на удержание недостачи из Вашего заработка, то взыскание ущерба с Вас работодателем также может произведено только в судебном порядке. Хлопотный это будет процесс для обоих сторон. Обращайтесь в полицию. Пусть проведут проверку и примут решение.