Почему мне не будут платить стипендию в академическом отпуске по беременности?

Нет так, не должны платить, если стипендия не является социальной.

23. Нахождение обучающегося в академическом отпуске, а также отпуске по беременности и родам, отпуске по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет не является основанием для прекращения выплаты (назначения) государственной социальной стипендии.

Выплата государственной академической стипендии студентам, в том числе повышенной государственной академической стипендии, государственной стипендии аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам приостанавливается с первого числа месяца, следующего за месяцем предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет, и возобновляется с первого числа месяца выхода из академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет по результатам промежуточной аттестации, имевшимся на дату предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет, с учетом периода обучения, за который государственная академическая стипендия студентам, в том числе повышенная государственная академическая стипендия, государственная стипендия аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам была выплачена до предоставления академического отпуска, а также отпуска по беременности и родам, отпуска по уходу за ребенком до достижения им возраста трех лет

Приказ Минобрнауки России от 27.12.2016 N 1663 "Об утверждении Порядка назначения государственной академической стипендии и (или) государственной социальной стипендии студентам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, государственной стипендии аспирантам, ординаторам, ассистентам-стажерам, обучающимся по очной форме обучения за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета, выплаты стипендий слушателям подготовительных отделений федеральных государственных образовательных организаций высшего образования, обучающимся за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета"