Какие органы ответственны за получение гражданства РФ для гражданско-брачных пар, живущих в разных регионах?

Здравствуйте, Фёдор.

Оптимальным местом прохождения Вашей женой процедуры получения гражданства РФ является то, где она может оформить постановку на миграционный учёт (т.е. имеется принимающая сторона) и где у неё будет возможность в дальнейшем так же оформить регистрацию по месту жительства по разрешению на временное проживание и по виду на жительство (т.е. собственник жилого помещения даст согласие на данную регистрацию).

Место проживания мужа не имеет никакого значения.