Как правильно магазин внести в торговый реестр?

В порядке Вашей инициативы - не обязательно. И наказания не будет.

Цитата (Приказ Минпромторга РФ от 16.07.2010 г. № 602):

1. Формирование торгового реестра субъекта Российской Федерации осуществляется органом государственной власти субъекта Российской Федерации путем внесения в него сведений о хозяйствующих субъектах, осуществляющих торговую деятельность, о хозяйствующих субъектах, осуществляющих поставки товаров (за исключением производителей товаров), а также о состоянии торговли на территории соответствующего субъекта Российской Федерации.

2. Внесение сведений о хозяйствующих субъектах, осуществляющих торговую деятельность, и внесение сведений о хозяйствующих субъектах, осуществляющих поставки товаров (за исключением производителей товаров), производится:

1) по заявлению хозяйствующего субъекта...

2) по результатам сбора сведений органом государственной власти субъекта Российской Федерации и осуществляется на основании акта данного органа государственной власти.

А вот уведомить Роспотребнадзор до открытия магазина Вы обязаны:

Здравствуйте! Формирование торгового реестра субъекта РФ осуществляется органом гос. власти субъекта РФ путем внесения в него сведений о хозяйствующих субъектах, осуществляющих торговую деятельность.