Помогите разобраться в ситуации с МУП являющимся по 44 ФЗ закупщиком.

Бесплатно тут Вас вряд ли ответят. Закажите консультацию любому юристу в личку; Тем не менее есть правовая позиция, что все можно будет взыскать с учредителя

"Бюджетный кодекс Российской Федерации" от 31.07.1998 N 145-ФЗ (ред. от 28.12.2017) (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2018)

""БК РФ Статья 161. Особенности правового положения казенных учреждений

(в ред. Федерального закона от 08.05.2010 N 83-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""5. Заключение и оплата казенным учреждением государственных (муниципальных) контрактов, иных договоров, подлежащих исполнению за счет бюджетных средств, производятся от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации, муниципального образования в пределах доведенных казенному учреждению лимитов бюджетных обязательств, если иное не установлено настоящим Кодексом, и с учетом принятых и неисполненных обязательств.

""Нарушение казенным учреждением требований настоящего пункта при заключении государственных (муниципальных) контрактов, иных договоров является основанием для признания их судом недействительными по иску органа государственной власти (государственного органа), органа местного самоуправления, осуществляющего бюджетные полномочия главного распорядителя (распорядителя) бюджетных средств, в ведении которого находится это казенное учреждение.

(в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 104-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

""6. В случае уменьшения казенному учреждению как получателю бюджетных средств главным распорядителем (распорядителем) бюджетных средств ранее доведенных лимитов бюджетных обязательств, приводящего к невозможности исполнения казенным учреждением бюджетных обязательств, вытекающих из заключенных им государственных (муниципальных) контрактов, иных договоров, казенное учреждение должно обеспечить согласование в соответствии с "законодательством" Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд новых условий государственных (муниципальных) контрактов, в том числе по цене и (или) срокам их исполнения и (или) количеству (объему) товара (работы, услуги), иных договоров.

(в ред. Федерального закона от 28.12.2013 N 418-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции")

Сторона государственного (муниципального) контракта, иного договора вправе потребовать от казенного учреждения возмещения только фактически понесенного ущерба, непосредственно обусловленного изменением условий государственного (муниципального) контракта, иного договора.

6.1. В случае признания в соответствии с настоящим Кодексом утратившими силу положений закона (решения) о бюджете на текущий финансовый год и плановый период в части, относящейся к плановому периоду, казенное учреждение вправе не принимать решение о расторжении ранее заключенных договоров и соглашений, подлежащих оплате в плановом периоде, при условии заключения дополнительных соглашений к указанным договорам и соглашениям, определяющих условия их исполнения в плановом периоде.

(п. 6.1 введен Федеральным законом от 15.02.2016 N 23-ФЗ)

7. При недостаточности лимитов бюджетных обязательств, доведенных казенному учреждению для исполнения его денежных обязательств, по таким обязательствам от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации, муниципального образования отвечает соответственно орган государственной власти (государственный орган), орган местного самоуправления, орган местной администрации, осуществляющий бюджетные полномочия главного распорядителя бюджетных средств, в ведении которого находится соответствующее казенное учреждение.

(в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 104-ФЗ)

(см. текст в предыдущей "редакции"

В силу п.1 ст.242.5 БК РФ исполнительный документ, предусматривающий обращение взыскания на средства местного бюджета по денежным обязательствам его казенного учреждения - должника, направляется судом по просьбе взыскателя или самим взыскателем вместе с документами, указанными в пункте 2 статьи 242.1 настоящего Кодекса, в орган, осуществляющий открытие и ведение лицевого счета муниципального казенного учреждения, по месту открытия должнику как получателю средств местного бюджета лицевых счетов для учета операций по исполнению расходов местного бюджета.