Подскажите, имеет ли смысл идти в суд с иском на налоговую или их действия правомерны?

МОжете , подайте жалобы вышестоящей ИФНС, а потом уже в суд.

Статья 220. Имущественные налоговые вычеты

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:

3) имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;

3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 3 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:

1) имущественный налоговый вычет предоставляется в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации одного или нескольких объектов имущества, указанного в подпункте 3 пункта 1 настоящей статьи, не превышающем 2 000 000 рублей.

6) для подтверждения права на имущественный налоговый вычет налогоплательщик представляет в налоговый орган:

свидетельство о рождении ребенка - при приобретении родителями жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них, в собственность своих детей в возрасте до 18 лет;