Возможно ли получить сертификат на переселение из крайнего севера для семьи с двумя детьми-инвалидами?

Только потому, что дети признаны инвалидами, права на сертификат не имеете. Смотрите условия участия в программе переселения из РКС:

Федеральный закон от 25.10.2002 N 125-ФЗ (ред. от 07.06.2017) "О жилищных субсидиях гражданам, выезжающим из районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей"

Статья 1. Установить, что право на получение жилищных субсидий имеют граждане, прибывшие в районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности не позднее 1 января 1992 года, имеющие общую продолжительность стажа работы в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях не менее пятнадцати календарных лет, не имеющие других жилых помещений на территории Российской Федерации за пределами районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей или нуждающиеся в улучшении жилищных условий и не получавшие субсидий на эти цели. Такое право сохраняется за гражданами, которые в соответствии с ранее действовавшим законодательством приобрели его при наличии стажа работы в указанных районах и местностях не менее десяти календарных лет и состояли по месту жительства на учете в качестве нуждающихся в улучшении жилищных условий. При этом право на получение жилищных субсидий имеют:

инвалиды I и II групп, инвалидность которых наступила вследствие трудового увечья и стаж работы которых составляет менее пятнадцати календарных лет;

инвалиды с детства, родившиеся в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях или за пределами указанных районов и местностей (в случае, если на дату их рождения местом жительства их матерей являлись районы Крайнего Севера и приравненные к ним местности) и прожившие в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях не менее пятнадцати календарных лет.