Возможно ли получить патент (гр.Молдова), не выезжая 3 через 3 но имея при этом легальное положение с действующей регистрацией?

Если Вы находитесь в РФ первые 90 дней, то выезжать не нужно. Оформляйте патент и продлевайте регистрацию

Статья 5. Временное пребывание иностранных граждан в Российской Федерации

Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина, прибывшего в Российскую Федерацию в порядке, не требующем получения визы, не может превышать девяносто суток суммарно в течение каждого периода в сто восемьдесят суток, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом, а также в случае, если такой срок не продлен в соответствии с настоящим Федеральным законом. При этом непрерывный срок временного пребывания в Российской Федерации указанного иностранного гражданина не может превышать девяносто суток.

Срок временного пребывания в Российской Федерации иностранного гражданина продлевается при выдаче иностранному гражданину патента, при продлении срока действия патента или при переоформлении патента в соответствии со статьей 13.3 настоящего Федерального закона, за исключением случаев, предусмотренных настоящим Федеральным законом.