Как решить ситуацию с налогом при продаже дома после реконструкции

Доказательством будет договор дарения от 1997 года.

С одной стороны налоговая права.

Права не недвижимость существуют для третьих лиц, только если они зарегистрированы.

Формально для 3-х лиц Вы собственник дома 2 года

С другой стороны есть исключение.

В силу закона Вы не были обязаны регистрировать свое право собственности, так как право собственности на дом у Вас возникло до 31.01.1998 года, иными словами до вступления в силу следующего закона.

Федеральный закон от 21.07.1997 N 122-ФЗ

"О государственной регистрации прав на недвижимое имущество и сделок с ним"

Начало действия редакции - 31.01.1998.

В силу ст. 6. закона права на недвижимое имущество, возникшие до момента вступления в силу закона, признаются юридически действительными при отсутствии их государственной регистрации, введенной настоящим Федеральным законом. Государственная регистрация таких прав проводится по желанию их обладателей.

Что делать?

Налоговой нужно предоставить обоснованные пояснения, с ссылками на нормы закона, почему Вы имеете право на вычет и приложить копию договора дарения. Кроме того ссылка на договор есть в выписке, как основание.

Право собственности возникшее у Вас на дом в 1997 году признается юридически действительным при отсутствии их государственной регистрации

Если налоговая откажет, то нарушит закон и сможете оспорить решение налоговой.