Есть ли какие-нибудь "скидки" для подразделений филиалов, ведь нам очень сложно из-за удаленности соблюсти все сроки.

Ответственность на основании ст. 116 НК РФ может быть применена по каждому случаю нарушения срока постановки на учет по месту нахождения филиалов и представительств, по месту нахождения иных обособленных подразделений, а также недвижимого имущества и транспортных средств.

Объективная сторона правонарушений, предусмотренных в п. 1 и п. 2 ст. 116 НК РФ, выражается в неподаче (бездействии) лицом в срок, установленный ст. 83 НК РФ, заявления о постановке на учет.

Для признания правонарушения совершенным не имеет значения, возникли ли вследствие него неблагоприятные последствия (формальный состав) в виде невозможности осуществления налогового контроля или налоговые органы все-таки имели возможность учесть налогоплательщика и произвести иные действия по осуществлению налогового контроля. Также при привлечении к ответственности по ст. 116 НК РФ не учитывается, осуществляло ли лицо хозяйственную деятельность, имело ли объекты налогообложения и т. д., то есть ответственность наступает за допущенное лицом нарушение срока подачи заявления, независимо от последствий.

Попробуем еще раз: В соответствии с п. 1 ст. 83 НК РФ налогоплательщики-организации обязаны встать на учет не только по месту нахождения филиалов и представительств, но и по месту нахождения иных обособленных подразделений. Вы - обособленное подразделение юридического лица (головной компании), поэтому юридическое лицо (головная компания) должна была подать заявление о постановке на учет по месту вашего нахождения в течение одного месяца после вашего фактического создания. Если юридическое лицо (головная компания) имеет по одному и тому же месту и обособленное подразделение, и недвижимое имущество, и транспортные средства, то заявление о постановке на учет подается только один раз. В этом случае НК РФ не требует подачи заявления по каждому объекту, с которым связана постановка на учет, поскольку такие действия означали бы не постановку организации на учет, а регистрацию указанных объектов в налоговом органе. Но все это вы будете доказывать в арбитражном суде.