Существует ли возможность ограничить по времени срок их пребывания в квартире, если я зарегистрирован в ней и постоянно проживаю?

Нет, таких правил не существует. Предполагается, что в отдельной (не коммунальной) квартире проживают члены одной семьи. А эти отношения регулируются не правовыми нормами. Если Вы возражаете против вселения (а не переодического ночевания) иных лиц, то можете обратиться в суд с иском о выселении или признания не приобредшим права пользования жилым помещением.