Могут ли возникнуть проблемы с призывом в армию при поступлении в ВУЗ по целевому направлению?

Закончил ВУЗ и решил идти в армию, прошел всю комиссию мне вручили повестку на определенное число, внесли в списки призывником срочников, но я заболел (официально, больничный лист открыт). Сейчас я передумал идти на срочку и хочу заключить контракт, я сказал военкому о намерении идти по контракту, на что он мне ответил ты внесен в списки уже. в Связи с этим вопрос: могут ли у меня возникнуть проблемы из за того, если я проболею до конца призыва (буквально 2 недели), а потом напишу заявление о контрактной службе?