Какие есть варианты и куда обратиться если я не согласна с изменением отчества сына?

Ваш муж имел право без Вашего на то согласия изменить свое имя. Такое право дают ему ст.ст. 58-62 СК РФ. И , к сожалению, он может это сделать еще не один раз, и Вы никак не сможете ему помешать в этом. А поскольку он изменил свое имя то, в соответствии со ст. 63 СК РФ:

1. На основании записи акта о перемене имени вносятся изменения в записи актов гражданского состояния, ранее составленные в отношении лица, переменившего имя, и выдаются новые свидетельства о государственной регистрации актов гражданского состояния с учетом внесенных в записи актов гражданского состояния изменений.

В случае, если перемена имени произведена органом записи актов гражданского состояния в отношении гражданина Российской Федерации, иностранного гражданина или лица без гражданства на территории Российской Федерации, изменения в записи актов гражданского состояния, составленные в отношении таких лиц компетентным органом иностранного государства с соблюдением законодательства иностранного государства, не вносятся.

2. При перемене имени родителями изменяются сведения о родителях в записи акта о рождении ребенка, не достигшего совершеннолетия.

В записи акта о рождении ребенка, достигшего совершеннолетия, сведения о его родителях изменяются по заявлению данного лица в порядке, установленном настоящим Федеральным законом для внесения исправлений и изменений в записи актов гражданского состояния.

3. При перемене фамилии обоими родителями и имени отцом изменяются фамилия и отчество ребенка, не достигшего возраста четырнадцати лет, в записи акта о его рождении.

При перемене фамилии одним из родителей фамилия их ребенка, не достигшего возраста четырнадцати лет, может быть изменена по соглашению родителей, а при отсутствии соглашения по указанию органа опеки и попечительства.

Изменение фамилии и отчества ребенка, достигшего совершеннолетия, в связи с переменой фамилии его родителями и имени отцом производится в порядке, установленном настоящим Федеральным законом для государственной регистрации перемены имени.

4. На основании внесенных изменений в запись акта о рождении ребенка, не достигшего совершеннолетия, выдается новое свидетельство о его рождении.