Что делать, если после 4,5 лет на учете в ГАИ обнаружили спиленный номер двигателя автомобиля и машину забрали на штрафстоянку?

Исходя из содержания п.3 Приказа МВД России от 26.06.2018 N 399,

Не подлежат регистрации в Госавтоинспекции и не проводятся регистрационные действия с транспортными средствами по следующим основаниям:

обнаружены признаки скрытия, подделки, изменения, уничтожения идентификационных номеров транспортных средств, номеров узлов и агрегатов (кузова, рамы, кабины, двигателя), идентифицирующих транспортное средство , либо подделки представленных документов, несоответствия транспортных средств и номерных агрегатов сведениям, указанным в представленных документах, или регистрационным данным, а также при наличии сведений о нахождении транспортных средств, номерных агрегатов в розыске или представленных документов в числе утраченных (похищенных), за исключением транспортных средств с измененной маркировкой транспортных средств и номерных агрегатов в результате естественного износа, коррозии, ремонта или возвращенных собственникам или владельцам после хищения, при условии их идентификации;

Соответственно, действия сотрудника регистрационного подразделения ГИБДД правомерны.

После проведения экспертизы в рамках проверки в порядке ст.144 УПК РФ, будет принято решение в соответствии со ст. 145 УПК РФ.

Алгоритм дальнейших действий зависит от данного решения.