Как зарегистрировать брак с иностранным гражданином, имеющим ограничения на въезд в Россию?

Не сможете. Т.к. в данном случае он нарушил режим пребывания (ст. 18. 8. КоАП РФ, ФЗ "О правовом положении иностранных граждан в РФ"). Находиться в РФ он не может, даже в целях регистрации брака.

У него на Родине можете спокойно зарегистрироваться.

Это вряд ли возможно, потому что в любом случае потребуется справка о том, что мужчина не женат по месту своего жительства за границей. Без нее брак не имеют право регистрировать в соответствии со ст. 26 ФЗ РФ "Об актах гражданского состояния".

Ст. 12 СК РФ указывает в качестве необходимых условий для жениха и невесты:

Пока не будет снят запрет вы не сможете зарегистрировать брак.

Здравствуйте, согласно Федеральному закону от 15.11.1997 N 143-ФЗ (ред. от 27.12.2018) "Об актах гражданского состояния" Статья 27. Порядок государственной регистрации заключения брака

...

2. Заключение брака и государственная регистрация заключения брака производятся по истечении месяца и не позднее двенадцати месяцев со дня подачи совместного заявления о заключении брака в орган записи актов гражданского состояния.

1. Заключение брака производится в личном присутствии лиц, вступающих в брак, по истечении месяца и не позднее двенадцати месяцев со дня подачи заявления в орган записи актов гражданского состояния в дату и во время, которые определены лицами, вступающими в брак, при подаче ими заявления о заключении брака.

При наличии уважительных причин орган записи актов гражданского состояния по месту государственной регистрации заключения брака может разрешить заключение брака до истечения месяца со дня подачи заявления о заключении брака.

При наличии особых обстоятельств (беременности, рождения ребенка, непосредственной угрозы жизни одной из сторон и других особых обстоятельств) брак может быть заключен в день подачи заявления.

Не допускается заключение брака между:

лицами, из которых хотя бы одно лицо уже состоит в другом зарегистрированном браке;