Военнослужащий по призыву вел транспорт в нетрезвом состоянии не имея прав какое наказание его ждет.

Наказание может быть не такое-же, как и в суде общей юрисдикции. КоАП РФ, в частности ст. 12.8 предусмотрено, что управление транспортным средством водителем, находящимся в состоянии опьянения и не имеющим права управления транспортными средствами либо лишенным права управления транспортными средствами, если такие действия не содержат уголовно наказуемого деяния, влечет административный арест на срок от десяти до пятнадцати суток или наложение административного штрафа на лиц, в отношении которых не может применяться административный арест, в размере тридцати тысяч рублей. Военным судам (в Вашей ситуации - гарнизонному военному суду) подсудны дела об административных правонарушениях, совершенных военнослужащими (Закон о военных судах РФ № 1-ФКЗ). Могут применить дисциплинарный арест. В частности, Дисциплинарный арест является крайней мерой дисциплинарного воздействия и заключается в содержании военнослужащего или гражданина, призванного на военные сборы, в условиях изоляции на гауптвахте. Дисциплинарный арест назначается на срок до 30 суток (Закон 76-ФЗ о Статусе военнослужащих).

Дисциплинарный арест применяется к военнослужащему или гражданину, призванному на военные сборы, лишь в исключительных случаях и только за совершенный им грубый дисциплинарный проступок. При этом если грубым дисциплинарным проступком является административное правонарушение, то дисциплинарный арест может быть применен только в том случае, когда за такое административное правонарушение Кодексом Российской Федерации об административных правонарушениях предусмотрено административное наказание в виде административного ареста.