Как отменить решение ИФНС о ликвидации ООО, которое уплатило налогов свыше 500 000,00 руб, но не предоставляло отчеты, при наличии движения по счетам около 20 000 000,00 руб?

Как подсказывает практика первый и самый очевидный в данном случае шаг - поинтересоваться в самой налоговой Инспекции. Попросту позвонить. Вероятность получить адекватный ответ от адекватного сотрудника налогового органа все-таки есть.

Если предыдущий шаг не помог, или яснее не стало, рассуждения следующие.

Данный вопрос будет нормативно урегулирован не Налоговый кодексом РФ (сфера действия данного нормативного источника - исчисление и уплата налогов и сборов, а не вопросы государственной регистрации юридических лиц и ИП), а Федеральным законом от 08.08.2001 N 129-ФЗ "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" (далее - ФЗ-129), так как именно этот закон регламентирует вопросы исключения из ЕГРЮЛ по решению налогового органа.

В ст. 21.1 ФЗ-129 предусмотрены основания для исключения юр. лица из ЕГРЮЛ: не сдает отчетность в течение 12 месяцев и отсутствует движение хотя бы по одному счету.

Но в пункте 5 ст. 21.1 ФЗ-129 также есть оговорка, согласно которой юридическое лицо подлежит исключению из ЕГРЮЛ по решению налогового органа также и в случае наличия в едином государственном реестре юридических лиц сведений, в отношении которых внесена запись об их недостоверности, в течение более чем шести месяцев с момента внесения такой записи.

То есть, если Ваши вводные о наличии движения по счету действительно имеют место, то Вашу организацию исключают из-за недостоверности сведений в ЕГРЮЛ. Каких именно сведений - можете узнать в выписке из ЕГРЮЛ (самые распространенные случаи - недостоверность юридического адреса или сведений о директоре или учредителях).

Опять же, если Ваша вводная относительно публикации в Вестнике государственной регистрации верна, то с 25.02.2019 в течение последующих 3 месяцев Вы сами, Ваши кредиторы или иные заинтересованные лица имеют право подать в инспекцию мотивированное заявление о нарушении их интересов в случае принудительной ликвидации. Если никаких возражений не поступит, то налоговая вносит в реестр запись о прекращении деятельности соответствующей организацией (п. 7 ст. 22 закона № 129-ФЗ).

То есть Ваш самый ближайший шаг - подать возражения в налоговую, причем успеть нужно в течение трех месяцев (в Вашем случае - до 25.02.2019).

Если и эта ступень не увенчается успехом - либо подавайте жалобу в вышестоящий налоговый орган, либо идите в суд. Сразу отмечу, что по данной категории споров не предусмотрен обязательный досудебный порядок урегулирования спора.