Неверная галка в декларации на вычет за обучение привела к судебному разбирательству - правомерны ли действия налоговой?

Да. правомерны. Потому что в этом случае вы сами пишите что не соблюли условия для предоставления вычета (ст. 219 НК РФ)

Вы сами должны были исправить эту ошибку, подав уточненку.

В общем случае перерасчет налоговых обязательств производится в периоде совершения ошибки (п. 1 ст. 54 НК РФ). То есть если в 2016 г. вы обнаружили ошибку в декларации 3-НДФЛ, поданной за 2013 г., то для заполнения уточненной налоговой декларации необходимо использовать форму 3-НДФЛ, которая использовалась при представлении отчетности за 2013

Здравствуйте! Дело в том, что вам тогда нужно было не верить устным высказываниям консультанта, а взять справку об отсутствии задолженности перед налоговым органом. В данный момент обратитесь в налоговую с письменным заявлением об устранении ошибки, обратитесь в приемные часы к начальнику налоговой. Надо будет, напишите жалобу в вышестоящую налоговую или в суд, ст. 218 КАС РФ.

Если же они уже подали в суд, подавайте свои возражения ст. 149 ГПК РФ. Вы ничего не должны, нужно просто исправить ошибку.

Согласно ст. 81 НК РФ

При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации факта неотражения или неполноты отражения сведений, а также ошибок, приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик обязан внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей.

При обнаружении налогоплательщиком в поданной им в налоговый орган налоговой декларации недостоверных сведений, а также ошибок, не приводящих к занижению суммы налога, подлежащей уплате, налогоплательщик вправе внести необходимые изменения в налоговую декларацию и представить в налоговый орган уточненную налоговую декларацию в порядке, установленном настоящей статьей. При этом уточненная налоговая декларация, представленная после истечения установленного срока подачи декларации, не считается представленной с нарушением срока.

Полагаю, что в вашей ситуации необходимо в срочном порядке провести корректировку, поданной вами, декларации. В таком случае, возможно, получится обойтись штрафными санкциями.