Отказали в субсидии, ссылаясь на то, что семья выплачивает ипотеку, т. е. обеспечена. Это правомерно?

Вполне может быть. Руководствуются региональными стандартами, в этом случае, но учитываются доходы семьи, и если их хватает на выплату достаточно больших платежей по ипотеке - могут и не дать субсидию.

Статья 159 ЖК РФ.

Предоставление субсидий на оплату жилого помещения и коммунальных услуг

1. Субсидии на оплату жилого помещения и коммунальных услуг (далее - субсидии) предоставляются гражданам в случае, если их расходы на оплату жилого помещения и коммунальных услуг, рассчитанные исходя из размера регионального стандарта нормативной площади жилого помещения, используемой для расчета субсидий, и размера регионального стандарта стоимости жилищно-коммунальных услуг, устанавливаемого по правилам части 6 настоящей статьи, превышают величину, соответствующую максимально допустимой доле расходов граждан на оплату жилого помещения и коммунальных услуг в совокупном доходе семьи. Размеры региональных стандартов нормативной площади жилого помещения, используемой для расчета субсидий, стоимости жилищно-коммунальных услуг и максимально допустимой доли расходов граждан на оплату жилого помещения и коммунальных услуг в совокупном доходе семьи устанавливаются субъектом Российской Федерации. Для семей со среднедушевым доходом ниже установленного прожиточного минимума максимально допустимая доля расходов уменьшается в соответствии с поправочным коэффициентом, равным отношению среднедушевого дохода семьи к прожиточному минимуму.