Ошибочный долг перед налоговой привел к отказу в ликвидации ООО - как действовать дальше?

Они неправильно Вам говорят. Если это их ошибка, то надо подавать в суд и признавать эту ошибку незаконной (ст. 218-220 НК РФ) и далее уже с этим решением можно будет ликвидироваться.

Т.к. в данном случае напрямую от их действий зависило решение вашей проблемы (Федеральный закон "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" от 08.08.2001 N 129-ФЗ)

Можно через суд попробовать восстановить срок исковой давности если доказать, что узнали позже или подобрать возможное с учетом Ваших обстоятельств:

"Гражданский процессуальный кодекс Российской Федерации" от 14.11.2002 N 138-ФЗ (ред. от 27.12.2018) (с изм. и доп., вступ. В силу с 28.12.2018)

КонсультантПлюс: примечание.

Со дня начала деятельности кассационных судов общей юрисдикции и апелляционных судов общей юрисдикции ст. 112 излагается в новой редакции (ФЗ от 28.11.2018 N 451-ФЗ). См. будущую редакцию.

ГПК РФ Статья 112. Восстановление процессуальных сроков

(в ред. Федерального закона от 28.07.2004 N 94-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

1. Лицам, пропустившим установленный федеральным законом процессуальный срок по причинам, признанным судом уважительными, пропущенный срок может быть восстановлен.

2. Заявление о восстановлении пропущенного процессуального срока подается в суд, в котором надлежало совершить процессуальное действие, и рассматривается в судебном заседании. Если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, лица, участвующие в деле, извещаются о времени и месте судебного заседания, однако их неявка не является препятствием к разрешению поставленного перед судом вопроса.

(часть 2 в ред. Федерального закона от 29.07.2017 N 260-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

3. Одновременно с подачей заявления о восстановлении пропущенного процессуального срока должно быть совершено необходимое процессуальное действие (подана жалоба, представлены документы), в отношении которого пропущен срок.

4. Заявление о восстановлении пропущенного процессуального срока подачи кассационных жалобы, представления соответственно в президиум верховного суда республики, краевого, областного суда, суда города федерального значения, суда автономной области, суда автономного округа, окружного (флотского) военного суда, установленного частью второй статьи 376 настоящего Кодекса, подается в суд, рассмотревший дело по первой инстанции.

Пропущенный процессуальный срок подачи кассационных жалобы, представления в судебную коллегию Верховного Суда Российской Федерации, установленный частью второй статьи 376 настоящего Кодекса, и пропущенный процессуальный срок, установленный соответственно частью второй статьи 391.2 и частью второй статьи 391.11 настоящего Кодекса, могут быть восстановлены судьей Верховного Суда Российской Федерации.

Пропущенный процессуальный срок, установленный соответственно частью второй статьи 376, частью второй статьи 391.2 и частью второй статьи 391.11 настоящего Кодекса, может быть восстановлен только в исключительных случаях, когда суд признает уважительными причины его пропуска по обстоятельствам, объективно исключающим возможность подачи кассационной или надзорной жалобы в установленный срок (тяжелая болезнь лица, подающего жалобу, его беспомощное состояние и другое), и эти обстоятельства имели место в период не позднее одного года со дня вступления обжалуемого судебного постановления в законную силу.

(часть 4 в ред. Федерального закона от 29.07.2017 N 260-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

5. Определение суда о восстановлении или об отказе в восстановлении пропущенного процессуального срока может быть обжаловано.

(часть 5 в ред. Федерального закона от 29.07.2017 N 260-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции

В данном случае обосновать что их ошибка узнали не сразу...

Добрый вечер Александр

Вам следует продолжить процесс ликвидации и даже в случае если вы не будете успевать, то получив отказ ФНС о ликвидации ООО у вас будет право отстоять свою позицию в суде с изложением всех обстоятельствах

Порядок ликвидации юридического лица регламентирован ст. 61–65 ГК РФ, а также отдельными положениями Федерального закона от 08.02.1998 № 14-ФЗ «Об обществах с ограниченной ответственностью» (далее – Закон об ООО), Федерального закона от 08.08.2001 № 129-ФЗ «О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей» (далее – Закон о госрегистрации), а также постановлением Правительства РФ от 19.06.2002 № 439 «Об утверждении форм и требований к оформлению документов, используемых при государственной регистрации юридических лиц, а также физических лиц в качестве индивидуальных предпринимателей» (далее – Постановление № 439), приказом ФНС России от 01.11.2004 № САЭ-3-09/16@ «О методических разъяснениях по заполнению форм документов, используемых при государственной регистрации юридического лица и индивидуального предпринимателя».