Мне как человеку находящимся на третей группе положено два оплачиваемых дня могу ли я их взять отдельно от основного отпуска?

Нет, это просто сам отпуск у Вас не может быть менее чем 30 дней.

Федеральный закон от 24.11.1995 N 181-ФЗ (ред. от 29.07.2018) "О социальной защите инвалидов в Российской Федерации" (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2019)

Статья 23. Условия труда инвалидов

Инвалидам, занятым в организациях независимо от организационно-правовых форм и форм собственности, создаются необходимые условия труда в соответствии с индивидуальной программой реабилитации или абилитации инвалида.

Не допускается установление в коллективных или индивидуальных трудовых договорах условий труда инвалидов (оплата труда, режим рабочего времени и времени отдыха, продолжительность ежегодного и дополнительного оплачиваемых отпусков и другие), ухудшающих положение инвалидов по сравнению с другими работниками.

Для инвалидов I и II групп устанавливается сокращенная продолжительность рабочего времени не более 35 часов в неделю с сохранением полной оплаты труда.

Привлечение инвалидов к сверхурочным работам, работе в выходные дни и ночное время допускается только с их согласия и при условии, если такие работы не запрещены им по состоянию здоровья.

Инвалидам предоставляется ежегодный отпуск не менее 30 календарных дней.