Может ли мать подсудимого подать заявление в следственный комитет против следователя, фабрикующего доказательства в деле ее сына?

Подать такое заявление (жалобу) никто не запретит, обратиться в СК может любой гражданин.

Федеральный закон от 28.12.2010 N 403-ФЗ (ред. от 27.12.2018) "О Следственном комитете Российской Федерации" (с изм. и доп., вступ. В силу с 08.01.2019)

Статья 11. Рассмотрение в следственных органах и учреждениях Следственного комитета заявлений, иных обращений и жалоб

1. В следственных органах Следственного комитета в соответствии с их полномочиями рассматриваются заявления и иные обращения, содержащие сообщения о преступлениях, ходатайства по уголовным делам, жалобы на действия (бездействие) и решения руководителей следственных органов Следственного комитета и следователей в порядке, установленном Уголовно-процессуальным кодексом Российской Федерации. Решение, принятое руководителем следственного органа Следственного комитета или следователем, не препятствует обращению соответствующего лица к прокурору или в суд.

2. Поступающие в следственные органы и учреждения Следственного комитета иные заявления, обращения и жалобы рассматриваются в порядке, установленном законодательством Российской Федерации.

3. Ответ на заявление, обращение, жалобу должен быть мотивированным. Если в удовлетворении заявления, обращения или жалобы отказано, подавшему их лицу должны быть разъяснены порядок обжалования принятого решения и его право обжаловать соответствующее решение в суд.

4. В случае, если в ходе проверки обращения о правонарушении будет установлено отсутствие в деянии состава преступления, но наличие в нем признаков административного правонарушения, руководитель следственного органа Следственного комитета направляет соответствующие материалы в орган, должностному лицу, в компетенцию которых входит решение вопроса о привлечении к ответственности лица, совершившего такое правонарушение.

Удачи.