Можно ли использовать материнский капитал для покупки комнаты или доли в трехкомнатной квартире, где я и мои дети зарегистрированы у свекрови?

Комнату купить Вы не можете, т.к. квартира в натуре не поделена, и вряд ли это можно сделать. По поводу покупки доли в квартире надо разговаривать с Пенсионным фондом, могут не дать разрешение. Всё зависит от стоимости квартиры, а точнее приобретаемой доли, площади и количества прописанных лиц.