Сын получает сертификат в Великом Новгороде. Можно купить ему жильё в Санкт-Петербурге?

Смотря что за сертификат имеется в виду. Например, для ГЖС

Правила

выпуска и реализации государственных жилищных сертификатов в рамках реализации ведомственной целевой программы "Оказание государственной поддержки гражданам в обеспечении жильем и оплате жилищно-коммунальных услуг" государственной программы Российской Федерации "Обеспечение доступным и комфортным жильем и коммунальными услугами граждан Российской Федерации"

(утв. постановлением Правительства РФ от 21 марта 2006 г. N 153)

53. Распорядитель счета в пределах срока действия договора банковского счета имеет право приобрести на первичном или вторичном рынках жилья на территории субъекта Российской Федерации, указанного в сертификате, у физических и юридических лиц (одного или нескольких) жилое помещение (жилые помещения), отвечающее требованиям, установленным статьями 15 и 16 Жилищного кодекса Российской Федерации, благоустроенное применительно к условиям населенного пункта, выбранного для постоянного проживания, в том числе в сельской местности (с учетом надворных построек). Приобретение жилого помещения (жилых помещений) может осуществляться путем заключения договора (договоров) купли продажи жилого помещения либо договора (договоров) участия в долевом строительстве, предусматривающего уплату цены такого договора (договоров) на счет эскроу для расчетов по договору участия в долевом строительстве. При этом допускается приобретение доли в праве общей собственности на жилое помещение при условии, что в результате такой сделки жилое помещение полностью поступает в общую долевую собственность распорядителя счета и членов его семьи, определенных в соответствии с пунктом 17 настоящих Правил.