Главный бухгалтер может столкнуться с юридическими последствиями в связи с оплатой личного кредита директора ООО с расчетного счета компании.

Да,вплоть до соучастия.

Федеральный закон от 06.12.2011 N 402-ФЗ (ред. от 26.07.2019) "О бухгалтерском учете" (с изм. и доп., вступ. В силу с 01.01.2020)

Статья 7. Организация ведения бухгалтерского учета

8. В случае возникновения разногласий в отношении ведения бухгалтерского учета между руководителем экономического субъекта и главным бухгалтером или иным должностным лицом, на которое возложено ведение бухгалтерского учета, либо лицом, с которым заключен договор об оказании услуг по ведению бухгалтерского учета:

1) данные, содержащиеся в первичном учетном документе, принимаются (не принимаются) главным бухгалтером или иным должностным лицом, на которое возложено ведение бухгалтерского учета, либо лицом, с которым заключен договор об оказании услуг по ведению бухгалтерского учета, к регистрации и накоплению в регистрах бухгалтерского учета по письменному распоряжению руководителя экономического субъекта, который единолично несет ответственность за созданную в результате этого информацию;

2) объект бухгалтерского учета отражается (не отражается) главным бухгалтером или иным должностным лицом, на которое возложено ведение бухгалтерского учета, либо лицом, с которым заключен договор об оказании услуг по ведению бухгалтерского учета, в бухгалтерской (финансовой) отчетности на основании письменного распоряжения руководителя экономического субъекта, который единолично несет ответственность за достоверность представления финансового положения экономического субъекта на отчетную дату, финансового результата его деятельности и движения денежных средств за отчетный период.