Каким образом будет рассчитываться налоговый вычет при покупке квартиры у отца жены?

Имущественные налоговые вычеты, предусмотренные подпунктами 3 и 4 пункта 1 настоящей статьи, не предоставляются в части расходов налогоплательщика на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них

в случаях, если сделка купли-продажи жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них совершается между физическими лицами, являющимися взаимозависимыми в соответствии со статьей 105.1 настоящего Кодекса.

Взаимозависимыми лицами признаются:

физические лица в случае, если одно физическое лицо подчиняется другому физическому лицу по должностному положению;

физическое лицо, его супруг (супруга), родители (в том числе усыновители), дети (в том числе усыновленные), полнородные и неполнородные братья и сестры, опекун (попечитель) и подопечный.

Отсюда следует, то может.

Но могут и отказать:

правоприменительные органы не вправе ограничиваться формальными условиями установления взаимозависимости, которые содержатся в нормах налогового законодательства. Они обязаны исследовать все фактические обстоятельства, имеющие значение для правильного разрешения налогового спора о применении имущественного налогового вычета. Следовательно, само по себе отсутствие в семейном законодательстве определения отношений свойства не может рассматриваться как формальное препятствие для правильного разрешения налоговых споров. Тем более что данное понятие не имеет специфического правового содержания, которое отличалось бы от общепринятого (отношения свойства - это отношения одного супруга с родственниками другого супруга либо между родственниками супругов), а потому не нуждается в специальном разъяснении законодателя.