Можно ли подать иск о защите чести, достоинства и деловой репутации в Верховный суд РФ, минуя нижние инстанции?

Нельзя.

1. Верховный Суд Российской Федерации рассматривает в качестве суда первой инстанции гражданские дела:

1) об оспаривании ненормативных правовых актов Президента Российской Федерации, ненормативных правовых актов палат Федерального Собрания, ненормативных правовых актов Правительства Российской Федерации;

2) об оспаривании нормативных правовых актов Президента Российской Федерации, нормативных правовых актов Правительства Российской Федерации и нормативных правовых актов иных федеральных органов государственной власти, затрагивающих права, свободы и законные интересы граждан и организаций;

3) об оспаривании постановлений о приостановлении или прекращении полномочий судей либо о прекращении их отставки;

4) о приостановлении деятельности или ликвидации политических партий, общероссийских и международных общественных объединений, о ликвидации централизованных религиозных организаций, имеющих местные религиозные организации на территориях двух и более субъектов Российской Федерации;

5) об оспаривании решений (уклонения от принятия решений) Центральной избирательной комиссии Российской Федерации (независимо от уровня выборов, референдума), за исключением решений, оставляющих в силе решения нижестоящих избирательных комиссий, комиссий референдума; (п. 5 в ред. Федерального закона от 21.07.2005 N 93-ФЗ)

6) по разрешению споров между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Российской Федерации, между органами государственной власти субъектов Российской Федерации, переданных на рассмотрение в Верховный Суд Российской Федерации Президентом Российской Федерации в соответствии со статьей 85 Конституции Российской Федерации;

7) о расформировании Центральной избирательной комиссии Российской Федерации.