Налоговый орган доначислил НДС за дополнительно выполненные работы в рамках госконтракта - что делать?

Можно но для этого придется обращаться в суд.

Здравствуйте Наталья

Действие налоговой не правомерно при доначислении налога, так как ФНС посчитал увеличенный объем работы как безвозмездную услугу согласно ст.39 НК на которую не начисляется НДС

Можете оспорить акт Налоговой

Право безвозмездного пользования вещью ВАС РФ квалифицирует как имущественное право (информационное письмо Президиума ВАС РФ от 22 декабря 2005 г. № 98). В целях главы 21 Налогового кодекса РФ имущественные права не признаются имуществом, а следовательно, и товаром (п. 2, 3 ст. 38 НК РФ). Поэтому их безвозмездная передача реализацией не является (абз. 2 подп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 38 НК РФ).

Постановление Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 N 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой Налогового кодекса Российской Федерации"

Рассмотрение налоговых споров судами

58. При рассмотрении заявления налогового органа о взыскании с налогоплательщика - организации или индивидуального предпринимателя недоимки, пеней, штрафа, предъявленного на основании пункта 3 статьи 46 НК РФ, суду необходимо исходить из того, что действующее законодательство о налогах и сборах не содержит специального указания на то, что непринятие налогоплательщиком мер к оспариванию решения налогового органа о привлечении (отказе в привлечении) к ответственности за совершение налогового правонарушения должно расцениваться как его согласие с заявленным требованием.

А какую норму нарушили налоговики?

Налоговый орган руководствовался п. 1 ст 146 НК РФ, согласно которому передача результатов выполненных работ на безвозмездной основе признается реализацией товаров (работ, услуг);