Военнослужащий увольняется до 10 лет - что будет с ипотекой и накоплениями?

Да, Вам придется выплачивать перечисленные в рамках НИС денежные средства, поскольку права у Вас на последние не возникло.

См.

Статья 10. Возникновение права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника

Основанием возникновения права на использование накоплений, учтенных на именном накопительном счете участника, в соответствии с настоящим Федеральным законом является:

1) общая продолжительность военной службы, в том числе в льготном исчислении, двадцать лет и более;

2) увольнение военнослужащего, общая продолжительность военной службы которого составляет десять лет и более:

а) по достижении предельного возраста пребывания на военной службе;

б) по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией ограниченно годным к военной службе;

в) в связи с организационно-штатными мероприятиями;

г) по семейным обстоятельствам, предусмотренным законодательством Российской Федерации о воинской обязанности и военной службе;

3) исключение участника накопительно-ипотечной системы из списков личного состава воинской части в связи с его гибелью или смертью, признанием его в установленном законом порядке безвестно отсутствующим или объявлением его умершим;

4) увольнение военнослужащего по состоянию здоровья - в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.