Как военная мать с двумя маленькими детьми получить отпуск в удобное для себя время?

Не можете.

В соответствии с пунктом 9 статьи 10 Федерального закона от 27 мая 1998 года № 76-ФЗ "О статусе военнослужащих", военнослужащие женского пола и военнослужащие, воспитывающие детей без отца (матери), пользуются социальными гарантиями и компенсациями в соответствии с федеральными законами и иными нормативными правовыми актами об охране семьи, материнства и детства.

Согласно ст. 262.2 Трудового кодекса РФ, - Работникам, имеющим трех и более детей в возрасте до двенадцати лет, ежегодный оплачиваемый отпуск предоставляется по их желанию в удобное для них время.