Как мне закрыть одно ИП и оставить другое, если я думала, что первое закрыто автоматически?

Елена!

В соответствии с Федеральным законом "О государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей" в едином государственном реестре индивидуальных предпринимателей содержатся следующие сведения об индивидуальном предпринимателе: и) вид, данные и срок действия документа, подтверждающего право индивидуального предпринимателя временно или постоянно проживать в Российской Федерации (в случае, если индивидуальный предприниматель является иностранным гражданином или лицом без гражданства);

к) дата государственной регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя и данные документа, подтверждающего факт внесения в единый государственный реестр индивидуальных предпринимателей записи об указанной государственной регистрации;

л) дата и способ прекращения физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя (по заявлению, либо в связи со смертью, либо в связи с принятием судом решения о признании несостоятельным (банкротом) или о прекращении деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в принудительном порядке, либо в связи с вступлением в силу приговора суда, которым назначено наказание в виде лишения права заниматься предпринимательской деятельностью на определенный срок, либо в связи с аннулированием документа, подтверждающего право временно или постоянно проживать в Российской Федерации, или окончанием срока действия указанного документа);

Государственная регистрация индивидуального предпринимателя осуществляется по месту его жительства.

4. Не допускается государственная регистрация физического лица в качестве индивидуального предпринимателя, если не утратила силу его государственная регистрация в таком качестве, либо не истек год со дня принятия судом решения о признании его несостоятельным (банкротом) в связи с невозможностью удовлетворить требования кредиторов, связанные с ранее осуществляемой им предпринимательской деятельностью, или решения о прекращении в принудительном порядке его деятельности в качестве индивидуального предпринимателя, либо не истек срок, на который данное лицо по приговору суда лишено права заниматься предпринимательской деятельностью.

1. Отказ в государственной регистрации допускается в случае:

в) предусмотренном пунктом 2 статьи 20 или пунктом 4 статьи 22.1 настоящего Федерального закона;

6. Государственная регистрация при прекращении физическим лицом деятельности в качестве индивидуального предпринимателя в связи с аннулированием документа, подтверждающего право данного лица временно или постоянно проживать в Российской Федерации, или окончанием срока действия указанного документа осуществляется на основании поступившей в регистрирующий орган в установленном Правительством Российской Федерации порядке информации об аннулировании указанного документа или на основании окончания срока его действия с учетом содержащихся в государственном реестре сведений о таком сроке.

Таким образом, поскольку срок действия документа о наличии временной регистрации истёк налоговая инспекция должна была внести изменения в госреестр о прекращении деятельности ИП.

В противном случае в 2012 году Вас не имели право регистрировать в качестве ИП.

Полагаю вам необходимо обратиться с заявлениями в налоговые инспекции, где отразить сложившуюся ситуацию. Получить ответы и в зависимости от ответа обращаться либо в суд, либо работать по предложенному налоговой инспекцией решению.