Кто должен оплачивать подоходный налог при работе у ИП - сотрудник или руководитель?

Если с ИП у Вас официально заключен трудовой договор или ГПД, то ИП в отношении Вас является налоговым агентом и обязан перечислять за Вас НДФЛ 13%, а также взносы в ПФР, ФФОМС и ФСС. НДФЛ 13% удерживается с Вашей зарплаты (например, у Вас зарплата 10 000,00 руб., из нее ИП обязан удержать и перечислить 13%, а остаток выплатить Вам). Взносы в фонды платятся из средств ИП.