Оплачивать ли ученую степень заместителю руководителя в бюджетной организации с внутренним совместительством?

Здравствуйте. Да, оплачивается.

1. Работа по совместительству выполняется на условиях отдельного трудового договора, в связи с этим работодатель выплачивает заработную плату работнику в связи с работой в рамках именно этого трудового договора (часть 1 статьи 56 ТК РФ). В соответствии с частью второй статьи 57 ТК РФ условия оплаты труда (в том числе размер тарифной ставки или оклада (должностного оклада) работника, доплаты, надбавки и поощрительные выплаты) являются обязательными для включения в трудовой договор.

2. Согласно статье 135 ТК РФ заработная плата работнику устанавливается трудовым договором в соответствии с действующими у данного работодателя системами оплаты труда. Системы оплаты труда, включая размеры тарифных ставок, окладов (должностных окладов), доплат и надбавок компенсационного характера, в том числе за работу в условиях, отклоняющихся от нормальных, системы доплат и надбавок стимулирующего характера и системы премирования, устанавливаются коллективными договорами, соглашениями, локальными нормативными актами в соответствии с трудовым законодательством и иными нормативными правовыми актами, содержащими нормы трудового права.

Ст. 285 ТК РФ Оплата труда лиц, работающих по совместительству, производится пропорционально отработанному времени, в зависимости от выработки либо на других условиях, определенных трудовым договором.