Можно ли военнослужащей со средним бакалавриатом получить образование на магистратуре за счет федерального бюджета?

НЕТ У ВАС ТАКОГО ПРАВА, это второе высшее и только за собственный счёт. А всё остальное ваши домыслы, ни на чём не основанные.

Да, можете. Более того, в магистратуру принимают только при наличии высшего образования в виде бакалавриата.

Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 02.07.2021) "Об образовании в Российской Федерации"

Статья 10. Структура системы образования

1. Система образования включает в себя:

5. В Российской Федерации устанавливаются следующие уровни профессионального образования:

1) среднее профессиональное образование;

2) высшее образование - бакалавриат;

3) высшее образование - специалитет, магистратура;

4) высшее образование - подготовка кадров высшей квалификации.

Приказ Минобрнауки России от 21.08.2020 N 1076 (ред. от 25.01.2021, с изм. от 01.04.2021) "Об утверждении Порядка приема на обучение по образовательным программам высшего образования - программам бакалавриата, программам специалитета, программам магистратуры"

4. К освоению образовательных программ допускаются лица, имеющие образование соответствующего уровня, подтвержденное:

при поступлении на обучение по программам бакалавриата и программам специалитета - документом о среднем общем образовании или документом о среднем профессиональном образовании и о квалификации, или документом о высшем образовании и о квалификации;

при поступлении на обучение по программам магистратуры - документом о высшем образовании и о квалификации.

6. Прием проводится на конкурсной основе:

по программам бакалавриата и программам специалитета (за исключением приема лиц, имеющих право на прием без вступительных испытаний) - на основании результатов единого государственного экзамена (далее - ЕГЭ), которые признаются в качестве результатов вступительных испытаний, и (или) по результатам вступительных испытаний, проводимых организацией высшего образования самостоятельно в случаях, установленных Порядком;

по программам магистратуры - по результатам вступительных испытаний, установление перечня и проведение которых осуществляется организацией самостоятельно.

И как человек, отучившийся в магистратуре на бюджете, после получения высшего образования-бакалавриата, подтверждаю, что на практике это всё работает))) Всё выглядело так: закончила бакалавриат, предоставила необходимый список документов, сдала вступительный экзамен в магистратуру, по сумме баллов зачислена на бюджет.